医院污水处理设备常用消毒剂有漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，医院污水须经消毒(常用熟石灰消毒)或高温堆肥后方可用作肥料。医院污水处理设备医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素治疗诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。

医院污水处理设备去除有机污染物及氨氮主要依赖于设备中的AO生物处理工艺。其中工作原理是在A级，由于污水有机物浓度很高，微生物处于缺氧状态，此时微生物为兼性微生物，医院污水处理设备所以A级池不仅具有一定的有机物去除功能，减轻后续好氧池的有机负荷，有机物浓度降低，但仍有一定量的有机物及较高NH3-N存在。

医院污水处理设备为了使有机物得到进一步氧化分解，同时在碳化作用下硝化作用能顺利进行，医院污水处理设备在O级设置有机负荷较低的好氧生物接触氧化池。在O级池中主要存在好氧微生物及自氧型细菌(硝化菌)。

其中好氧微生物将有机物分解成CO2和H2O;自养型细菌(硝化菌)利用有机物分解产生的无机碳或空气中的CO2作为营养源，将污水中的NH3-N转化成NO-2-N、NO-3-N，O级池的出水部分回流到A级池，为A级池提供电子接受体，通过反硝化作用最终消除氮污染。